Dovrebbe derivare da forme etniche dei due toponimi Fregona (TV) e Fregona di Canale d'Agordo nel bellunese.
L'identità fregonese ebbe particolare importanza nella Repubblica Serenissima di Venezia dopo che, nel 1509, un corpo di cittadini, reclutati a Fregona nel trevisano da Francesco Forte, capitano ai servizi della Serenissima, si rivelò determinante per il recupero della città di Serravalle, occupata da 800 soldati dell'imperatore Massimiliano d'Asburgo. A seguito di questo fatto d'arme i fregonesi vennero esentati dalle tasse e da altri dazi imposti dalla Serenissima, che inviò al municipio di Fregona un decreto ducale di esenzione, ancora conservato presso lo stesso municipio.
Il cognome Fregonese è tipico del Veneto orientale e del Friuli. Fregonesi, quasi unico, è probabilmente dovuto ad errori di trascrizione del precedente.
Il cognome Fregonese è 732° nella regione Veneto Il cognome Fregonese è 203° nella provincia di Venezia Il cognome Fregonese è 1° nel comune di ZENSON DI PIAVE (TV)