Dovrebbe derivare dal cognomen latino Fraganius oppure da un soprannome legato al vocabolo latino fragus, "fragrante", che potrebbe far pensare ad un capostipite la cui professione fosse quella di mercante di fragranti spezie.
Il cognome Fragogna, rarissimo, è veneziano. Fragona, probabilmente derivato da un errore di trascrizione del precedente, è quasi unico.