Dovrebbe derivare da un soprannome legato al significato simbolico attribuito alla fonte intesa come sorgente di spiritualità o di purezza di sentimenti oppure da toponimi quali Fontana (PR) - (NA), Fontana di Montella (AV), Fontana Liri (FR), Fontana Pradosa (PC), Fontanella (BG), Fontanelle (CE) e molti altri.
Il cognome Fontanella ha più nuclei: nel ragusano, nel napoletano e casertano, nell'anconetano, nella provincia di venezia e nel bellunese, in Lombardia e nel genovese. Fontanelli è toscano ed emiliano.
Il cognome Fontanelli è 280° nella regione Toscana Il cognome Fontanelli è 67° nella provincia di Pisa Il cognome Fontanelli è 3° nel comune di CERTALDO (FI)