Ha origini portoghesi e spagnole e deriva da un toponimo legato al termine latino fons sicca, "fonte secca".
Il cognome Fonseca è molto diffuso in Brasile mentre in Italia è piuttosto raro e presenta una maggiore concentrazione in Puglia.
Il cognome Fonseca è 3033° nella regione Puglia Il cognome Fonseca è 802° nella provincia di Taranto Il cognome Fonseca è 36° nel comune di ALZANO SCRIVIA (AL)