Potrebbe derivare dalla parola filone che può essere un nome di persona (dal filosofo Filone di Alessandria), o una tipica forma di pane allungata, o un vocabolo simile a "furbacchione, che riesce a trarre vantaggio dalle situazioni".
In alcuni casi può anche derivare dal verbo filare, usato con il significato di "amoreggiare".
Il cognome Filoni ha un ceppo pugliese, nel leccese, presenze significative in Toscana, nella provincia di Pistoia, e nel Lazio, nel romano.
Il cognome Filoni è 2351° nella regione Puglia Il cognome Filoni è 299° nella provincia di Pistoia Il cognome Filoni è 6° nel comune di SAN MARCELLO PITEGLIO (PT)