Potrebbe derivare da un soprannome originato dal termine dialettale filesel (il filaccio di lana ottenuto dalla prima lavorazione dei fiocchi), in questo caso si potrebbe supporre che il soprannome stesse ad indicare la professione del capostipite, oppure potrebbe derivare da un soprannome originato dal termine dialettale filis, "felce", (le foglie di felce anticamente venivano utilizzate, nelle località montane della bergamasca, per preparare la lettiera delle vacche, e si potrebbe allora ipotizzare che il capostipite fosse un lavorante addetto al bestiame o che allevasse mucche). Un'ultima ipotesi propone una derivazione da una forma ipocoristica dialettale derivata dal nome Felice.
Il cognome Filisetti è lombardo e caratteristico del bergamasco.
Il cognome Filisetti è 1726° nella regione Lombardia Il cognome Filisetti è 217° nella provincia di Bergamo Il cognome Filisetti è 4° nel comune di ARDESIO (BG)