Potrebbe derivare da un soprannome legato alla vicinanza ad un bosco di farnie (un genere di quercia).
La nobile famiglia Farnese inizia ad essere menzionata nel 1300, quando acquista un rango nobiliare e riceve un proprio feudo, per servizi resi al Papato. I Farnese, oltre a vari alti prelati e principi, annoverano anche un Papa, il cardinale Alessandro Farnese che fu fatto Papa con il nome di Paolo III.
Il cognome Farnese, molto raro, è forse umbro marchigiano. Farnesi sembra essere specifico pisano, con ceppi in Umbria e Marche.
Il cognome Farnesi è 1073° nella regione Umbria Il cognome Farnesi è 395° nella provincia di Pisa Il cognome Farnesi è 2° nel comune di SAN VENANZO (TR)
Stemma
Farnesi(LAZ) (Roma) d'oro, a sei gigli d'azzurro, posti 3, 2, 1
Farnesi(EMI LAZ) (Roma e Parma) Titolo: marchesi di Novara d'oro, a sei gigli d'azzurro, 3, 2 e 1