Dovrebbe derivare dal nome medioevale Faraon/Faraonis di cui si ha un esempio nell'Historia Longobardorum di Paolo Diacono: "...Tunc filius eius Aripert iterum bellum parans, pugnavit cum Liutperto rege aput Ticinum cumque Ansprando et Atone et Tatzone necnon et Rotharit ac Faraone. ..". E' però anche possibile che provenga da un soprannome originato da toponimi come ad esempio Faraone (TE).
Il cognome Faraone è tipico del centrosud con una grossa concentrazione in Sicilia e nel palermintano a Palermo in particolare. Faraoni è specifico di Toscana, Marche e Lazio. Faraon è decisamente veneto, del trevisano e del veneziano.
Il cognome Faraone è 479° nella regione Basilicata Il cognome Faraone è 306° nella provincia di Potenza Il cognome Faraone è 8° nel comune di BARAGIANO (PZ)