Dovrebbe derivare dal nome proprio medioevale Fantino (che significa "giovane ragazzo, fanciullo") di cui si hanno tracce già prima del 1000.
Verso la fine del VI secolo infatti a Monreale si trova citato in alcune lettere il Defensor (avvocato) Fantinus.
Si ricorda inoltre San Fantino di Calabria morto verso la fine del IX secolo e Fantino Dandolo vescovo di Padova nel 1400.
Esiste anche la possibilità che derivi da soprannomi o da toponimi anche solo rionali come Campo San Fantino di Venezia.
Tracce della cognomizzazione di Fantini si trovano nel Veneto a Portogruaro nel 1500 con Gastaldo De Fantino (o Fantini).
Il cognome Fantin è specifico del Veneto. Fantinelli è presente in Emilia Romagna, Veneto e Lombardia.
Il cognome Fantinelli è 3486° nella regione Emilia-Romagna Il cognome Fantinelli è 554° nella provincia di Ravenna Il cognome Fantinelli è 10° nel comune di PIANEZZE (VI)