Potrebbe derivare da un soprannome legato al nome dell'animale faina oppure da un'alterazione del nomen latino Fannius o ancora dal vocabolo dialettale fai, "faggio" e indicherebbe "quelli del faggeto".
Il cognome Faini dovrebbe essere di origine bresciana, ma esiste forse un ceppo nel milanese e forse uno in Romagna e Marche.