L'origine di questi cognomi va ricercata nell'unione fra il termine don (dal latino dominus, "signore") e il nome Giovanni, ad indicare che il capostipite era un certo signor Giovanni. Il termine don potrebbe assumere un valore di rispetto, forse in riferimento a un particolare status sociale.
Il cognome Dongiovanni è tipicamente pugliese. Don Giovanni è quasi unico, si tratta probabilmente di errori di trascrizione del precedente.