Probabile forma matronimica riferita a capostipiti la cui madre si fosse chiamata Agnese (dal greco Haghné e significa "casta, pura").
Il cognome D'Agnese ha un ceppo abruzzese nel pescarese, uno nel latinense ed in Campania a Napoli e nell'avellinese. Dell'Agnese è tipico delle province di Pordenone ed Udine così come Dell'Anese.