Potrebbe derivare dal nome del paese di Sant'Agata dei Goti nel beneventano oppure da quello di paesi come Sant'Agata Li Battiati nel catanese, o Sant'Agata di Messina.
Il cognome D'Agata ha un piccolo ceppo tra campobassano e beneventano e un ceppo più consistente nella Sicilia orientale, nel messinese, catanese soprattutto e siracusano.
Il cognome D'Agata è 1082° nella regione Sicilia Il cognome D'Agata è 262° nella provincia di Catania Il cognome D'Agata è 22° nel comune di CASTELVETERE IN VAL FORTORE (BN)