Dovrebbe derivare da un soprannome legato al termine di parentela, cugino.
Il cognome Cugini ha un ceppo lombardo, tra milanese e bergamasco, uno tra le province di Parma e Reggio Emilia ed uno romano. Cugino potrebbe essere originario delle puglie. Cugina e Cuginetti sono unici.
Il cognome Cugino è 3178° nella regione Molise Il cognome Cugino è 2245° nella provincia di Campobasso Il cognome Cugino è 80° nel comune di MELISSANO (LE)