Potrebbe derivare da un soprannome legato al toponimo Crotta d'Adda (CR) o al termine latino crypta, crupta, "grotta".
Il cognome Crotti è lombardo emiliano, con grossa concentrazione nell'area compresa tra le province di Brescia, Bergamo e Cremona. Crotta è lombardo piemontese così come il più raro Crotto. Crottini, molto raro, è lombardo.
Il cognome Crotto è 9713° nella regione Piemonte Il cognome Crotto è 1345° nella provincia di Como Il cognome Crotto è 10° nel comune di SAN RAFFAELE CIMENA (TO)