Dovrebbe derivare da un soprannome originato dal termine albanese arcaico kota, "cosa da poco, inutile", oppure dal vocabolo dialettale cota, "pietra per affilare", forse ad indicare che il capostipite fosse un contadino.
Il cognome Cota sembrerebbe pugliese, con un ceppo nel foggiano a San Severo e Mattinata, ed uno piccolo nel leccese a Lecce e Taviano. Cote è quasi unico. Coti ha un ceppo nel leccese ed uno molto piccolo, forse secondario, a Morengo nel bergamasco ed a Crema nel cremonese.