Dovrebbe derivare dal nome medioevale Cortone, nome che a sua volta deriva dal nome del cortone un'uccello rapace, una specie di falco.
Si può ipotizzare anche una derivazione dal nome della città aretina di Cortona.
Il cognome Cortone, molto raro, ha un piccolo ceppo nel napoletano ed uno a Bari. Cortoni ha un piccolo ceppo nel viterbese ed uno nel romano.
Il cognome Cortoni è 2791° nella regione Umbria Il cognome Cortoni è 1065° nella provincia di Terni Il cognome Cortoni è 13° nel comune di ROCCA DI CAVE (RM)