Dovrebbe derivare dal nome medioevale Cortone, nome che a sua volta deriva dal nome del cortone un'uccello rapace, una specie di falco.
Si può ipotizzare anche una derivazione dal nome della città aretina di Cortona.
Il cognome Cortone, molto raro, ha un piccolo ceppo nel napoletano ed uno a Bari. Cortoni ha un piccolo ceppo nel viterbese ed uno nel romano.
Il cognome Cortone è 9068° nella regione Puglia Il cognome Cortone è 3856° nella provincia di Bari Il cognome Cortone è 467° nel comune di CASALNUOVO DI NAPOLI (NA)