Deriva dal nome medioevale Cherubinus (dall'ebraico kerubh, "creatura celeste e spirituale") di cui si hanno tracce ad esempio nel 1400 con il santo Cherubinus de Spoleto. Un altro santo con questo nome fu Cherubino Testa (1451-1479) di Avigliana (TO).
Traccia della cognomizzazione si ha a Siena nel 1500 con un tal Cherubinus domini Cesaris. Degno di menzione è Francesco Cherubini, l’autore del Vocabolario Milanese-Italiano, scritto agli inizi del 1800.
Il cognome Cherubini ha due zone di grande diffusione: in Lombardia tra bresciano e veronese e nel centro Italia, tra Toscana, Umbria e Lazio. Cherubin è veneto. Cherubina è quasi unico. Cherubino, piuttosto raro, è sparso sulla penisola.
Il cognome Cherubin è 1556° nella regione Veneto Il cognome Cherubin è 666° nella provincia di Padova Il cognome Cherubin è 1° nel comune di SANTA GIUSTINA IN COLLE (PD)