Potrebbe derivare dal nome personale latino Caecilius, il nome gentilizio della gens Caecilia, una delle più importanti e ricche famiglie dell'antica Roma, il cui nome dovrebbe derivare dal termine latino coeculus, "quasi cieco, che vede a fatica".
Il cognome Cecilia è tipicamente laziale, di Roma, del frusinate, di Rieti e di Latina. Cecili ha un piccolo ceppo perugino ed uno nel romano e nel frusinate. Cecilio, quasi unico, è del centro Italia.
Il cognome Cecilio è 11350° nella regione Valle d'Aosta Il cognome Cecilio è 3994° nella provincia di Oristano Il cognome Cecilio è 26° nel comune di ISOLABELLA (TO)