Potrebbe derivare dal nome di una località come Casone o Casoni e dove il suffisso -ati indica appartenenza ed indicare quindi "quelli del casone o dei casoni".
Il cognome Casonati, rarissimo, parrebbe del mantovano. Cason è veneto, del bellunese, trevisano e vicentino. Casone ha un ceppo lombardo. Casoni è tipico dell'Emilia Romagna.