Dovrebbe derivare da nomi di località come Carfagna nel Molise, ma è anche possibile che derivi in alcuni casi da soprannomi legati al vocabolo dialettale abruzzese carfagna indicante una tipica lana nera delle montagne tra Puglia ed Abruzzo.
Si trovano tracce di questa cognomizzazione con i Carfagna feudatari di Poggio Sannita (IS) nel XVI secolo e nel 1515 con un Salvitto Carfagna che acquista da Bartolomeo Carafa il Castello de' Pizzi di Palena (CH).
Il cognome Carfagna sembra avere un nucleo importante nel Lazio, e ceppi nel Piceno, in Abruzzo, nel Molise, nel napoletano e nel foggiano. Carfagni è rarissimo.
Il cognome Carfagni è 16643° nella regione Toscana Il cognome Carfagni è 4358° nella provincia di Avellino Il cognome Carfagni è 148° nel comune di MONTELLA (AV)