Dovrebbe derivare da soprannomi medioevali forse dovuti al colore nero dei capelli.
Di quest'uso si ha un esempio in un atto del 1265 a Siena, dove l'estensore è un certo Buonadote figlio del già Caponero. Si riscontra inoltre in una registrazione di decesso a Siena nel 1648: "Adì 27 Settembre 1648 - Caterina detta Caponero, Vedova, Moglie già di Giovanni detto l'Imburchia riceuto tutti li Santissimi Sacramenti morì a hore quattro...".
Il cognome Caponera ha un piccolo ceppo nel perugino, ma il grosso è concentrato nel romano e frusinate e nel latinense. Caponeri, molto raro, è tipico dell'area che comprende il senese, il perugino ed il ternano. Caponero ha un piccolo ceppo nel pisano ed uno nel viterbese e romano, a Civitavecchia e Roma nel romano e nel viterbese.
Il cognome Caponera è 595° nella regione Lazio Il cognome Caponera è 123° nella provincia di Frosinone Il cognome Caponera è 1° nel comune di FUMONE (FR)