Deriva dal nome medioevale Bonus Johannes o come forma contratta o dialettale del nome Bongiovanni ("buon Giovanni").
Tracce di questa cognomizzazione si trovano a Piacenza nel 1100 con il notaio Bonus Johannes; si ricorda inoltre il Cardinale di Mantova fatto poi Beato Bonus Johannes (1168-1249).
Il cognome Bongiovanni sembrerebbe avere più ceppi: in Sicilia, in Piemonte e Liguria, nel bolognese ed in Lombardia e basso Veneto. Bongi è toscano. Bongini è presente soprattutto nella provincia di Firenze ed ha un ceppo nel milanese. Bongino è praticamente unico. Bongianni ha un ceppo fiorentino, uno romano ed uno nella provincia di Sondrio. Bongioanni è tipico del cuneese. Buongiovanni presenta un ceppo napoletano.
Il cognome Buongiovanni è 3096° nella regione Campania Il cognome Buongiovanni è 1285° nella provincia di Pistoia Il cognome Buongiovanni è 26° nel comune di CORENO AUSONIO (FR)