Potrebbe derivare da un soprannome che deriva dal toscano antico brainae significa "pozzanghera, acquitrino". Potrebbe essere giunto in Sardegna con i toscani tagliatori di sughero e carbonai verso la seconda metà del XIX sec.
Il cognome Braina è specifico del sassarese.
Il cognome Braina è 2044° nella regione Sardegna Il cognome Braina è 1016° nella provincia di Oristano Il cognome Braina è 41° nel comune di OZIERI (SS)