Potrebbe derivare da un soprannome che deriva dal toscano antico brainae significa "pozzanghera, acquitrino". Potrebbe essere giunto in Sardegna con i toscani tagliatori di sughero e carbonai verso la seconda metà del XIX sec.
Il cognome Braina è specifico del sassarese.
Il cognome Braina è 1985° nella regione Sardegna Il cognome Braina è 1012° nella provincia di Oristano Il cognome Braina è 40° nel comune di BAULADU (OR)