Potrebbe derivare da una modificazione del nome Bono, dal latino Bonus, "di buon carattere".
Il cognome Bononi è presente nel nord Italia, nella provincia di Rovigo in particolare. Bonon, rarissimo, è veneto.
Il cognome Bonon è 6531° nella regione Trentino-Alto Adige Il cognome Bonon è 1194° nella provincia di Rovigo Il cognome Bonon è 27° nel comune di PONTECCHIO POLESINE (RO)