Dovrebbe derivare dal nome medioevale Bonizzone, citato ad esempio in un atto redatto a Cremona nel 753, dove si legge: "...manibus testi Gyselprando et Ildeprando germanis, seu Bonifredo et Eldefrido atque Uuini zonis et Amezonis atque Bonizonis, huius ciuitatis habitatoribus, rogati sunt testes. ...".
Traccia di questa cognomizzazione si trova in un atto di vendita del 1154 scritto in Milano, dove si legge: "...manuum Uberti Bonizoni, Iohannis Cagadenarii...". Bonizzone, rarissimo, potrebbe essere genovese. Bonissone è tipico della zona tra alessandrino e genovese. Bonissoni, molto raro, è lombardo, dell'area bergamasco bresciana.
Il cognome Bonissoni è 11609° nella regione Lombardia Il cognome Bonissoni è 3606° nella provincia di Brescia Il cognome Bonissoni è 13° nel comune di ISSO (BG)