Potrebbe derivare dal nome medioevale Bonizzo.
Tracce di questa cognomizzazione si trovano a Lonigo (VR) con l'umanista Ognibene de' Bonisoli (1412-1474), detto "Leonicenus", che insegnò retorica alla Scuola Pubblica di Vicenza, a Cremona nel 1633 nasce il famoso pittore di storia e ritratto Agostino Bonisoli (1633 - 1700).
Il cognome Bonisoli è tipico della zona che comprende il cremonese, il mantovano ed il reggiano.
Il cognome Bonisoli è 4311° nella regione Lombardia Il cognome Bonisoli è 507° nella provincia di Cremona Il cognome Bonisoli è 12° nel comune di SESTO ED UNITI (CR)