Deriva dal nomen latino Bonifatius ("buona fortuna") di cui si ha un esempio con il Papa del VII secolo Bonifatius natione Marsorum (Bonifacio IV) o dalla forma medioevale Bonifazio.
Tracce di questa cognomizzazione si trovano nel 1300 con ser Pietro di Giovanni de’ Bonifazi da Cascia citato come giudice a Firenze in alcune sentenze del 1340 e seguenti.
Il cognome Bonifaci, rarissimo, sembra avere un ceppo nel vicentino ed uno in Abruzzo. Bonifati presenta un ceppo calabrese in provincia di Cosenza. Bonifazio sembra avere un ceppo nel torinese, uno nel savonese, uno nel crotonese ed uno in Sicilia. Bonifacino è ligure, della provincia di Savona.
Il cognome Bonifacino è 533° nella regione Liguria Il cognome Bonifacino è 56° nella provincia di Savona Il cognome Bonifacino è 2° nel comune di GIUSVALLA (SV)