Deriva dal nome augurale medioevale Bonafinis con il significato di "buon parente", cioè di buon acquisto per la famiglia, o anche dal nome medioevale Bonafine nel senso che il proprio figlio consegua dei "buoni risultati".
Il cognome Bonaffini ha un ceppo nel milanese, probabile frutto dell'immigrazione dal sud, ed uno siciliano nell'ennese e nel nisseno. Bonafine sembra specifico dell'area al confine tra Basilicata e Calabria. Bonafini è tipico dell'area che comprende il bresciano, il veronese ed il mantovano. Bonfine è praticamente unico. Bonfini ha un ceppo tra ascolano e teramano ed uno nel romano. Bonaffine e Buonaffini sono praticamente unici.
Il cognome Bonfini è 2804° nella regione Marche Il cognome Bonfini è 454° nella provincia di Ascoli Piceno Il cognome Bonfini è 20° nel comune di ISOLA DEL GRAN SASSO D'ITALIA (TE)