Deriva dal nome propiziatorio medioevale Bonora (equivalente di Fortunato). Tracce di questo cognome si hanno ad esempio a Rimini nel 1400 con un eremita di nome Ondidei Bonora che diede il nome al famoso Santuario della Madonna di Bonora di Montefiore Conca (RN).
Il cognome Bonora è molto diffuso in tutto il nord centrorientale, ha un forte nucleo nel bolognese e ferrarese ed aree circostanti, uno nel Triveneto con massima concentrazione nel trevigiano, uno nella Lombardia orientale ed uno nel tarentino. Bonera è bresciano. Boneri è quasi unico. Bonori, molto raro, è tipico del bolognese. Bonoro è praticamente unico. Buonora potrebbe essere della provincia di Salerno.
Il cognome Bonera è 1419° nella regione Lombardia Il cognome Bonera è 124° nella provincia di Brescia Il cognome Bonera è 1° nel comune di COLLEBEATO (BS)