Potrebbe derivare dal nome dell'antico paese di Bondione, in Alta Val Seriana, l'attuale frazione del paese di Valbondione, situato nel bergamasco, oppure dal nome dei territori vicini al lago di Bondione o al torrente omonimo, ad indicare il probabile luogo d'origine dei capostipiti.
Il cognome Bondioni è specifico del bresciano.
Il cognome Bondioni è 5147° nella regione Lombardia Il cognome Bondioni è 972° nella provincia di Brescia Il cognome Bondioni è 1° nel comune di NIARDO (BS)