Dovrebbe derivare da modificazioni del nome medioevale Bonatus di cui si ha un esempio in uno scritto del 1531 nel Canton Ticino a Brusio: "...omnes consiliarii dicte vicinantie de Bruxio et cum eis affuerunt hii infrascripti videlicet Bonatus filius quondam Iohannis de Gasparro, Petrus et Betinus eius fratres,...".
In alcuni casi deriva dal nome latino Bonus passato in uso anche presso i barbari conquistatori oppure dal toponimo Bonate (BG).
Il cognome Bonato è specifico del Veneto, del Trentino e del nord della Lombardia. Bonatti è soprattutto lombardo ed emiliano. Bonatto è torinese.
Il cognome Bonatto è 4146° nella regione Piemonte Il cognome Bonatto è 1941° nella provincia di Torino Il cognome Bonatto è 4° nel comune di FRASSINETTO (TO)