Dovrebbe derivare da nomi augurali presenti nel medioevo il cui significato in questo caso è "che la tua venuta porti prosperità negli anni".
Tracce di questa cognomizzazione si trovano a Pisa nel 1130 con il letterato Buonanno Bonanni, in Friuli a Cividale nel 1300, in Sicilia nel 1600 con il pittore Giuseppe Bonanni, nella seconda metà del 1600 a Paganica (AQ) con un Cesare Bonanni, citato in una lapide: "...cum beneficio Cesaris Bonanni de Paganica..:", questo cognome a Paganica è comunque presente fin dalla fine del 1200.
Il cognome Bonanni è molto diffuso in tutto il centro Italia, ha ceppi anche nel fiorentino, nella Liguria centro orientale e nell'udinese. Bonan è tipicamente veneto. Bonani ha un ceppo in provincia di Trento. Bonano, raro, è sparso sulla penisola.