Dovrebbe derivare dai nomi medioevali Bonaita o Bonaiutus, un nome medioevale bene augurale tardo latino, composto dai termini bon o buon per "buono" e aita o aiuto per "aiuto", nome attribuito ai propri figli nella speranza che gli stessi costituissero un buon aiuto per la famiglia.
Il cognome Bonaita è tipicamente lombardo. Bonaiuti è tosco emiliano. Bonaiuto è siciliano. Bonajuto è quasi unico. Bonaiti è diffuso soprattutto nel lecchese e nel bergamasco. Buonaiuti, rarissimo, è di Firenze, caratteristico di Prato e del fiorentino. Buonaiuto è specifico di Sarno nel salernitano, con un ceppo importante anche nel napoletano.
Il cognome Bonaiuto è 2704° nella regione Sicilia Il cognome Bonaiuto è 468° nella provincia di Siracusa Il cognome Bonaiuto è 55° nel comune di SAN LUCIDO (CS)