Dovrebbe derivare dai nomi medioevali Bonaita o Bonaiutus, un nome medioevale bene augurale tardo latino, composto dai termini bon o buon per "buono" e aita o aiuto per "aiuto", nome attribuito ai propri figli nella speranza che gli stessi costituissero un buon aiuto per la famiglia.
Il cognome Bonaita è tipicamente lombardo. Bonaiuti è tosco emiliano. Bonaiuto è siciliano. Bonajuto è quasi unico. Bonaiti è diffuso soprattutto nel lecchese e nel bergamasco. Buonaiuti, rarissimo, è di Firenze, caratteristico di Prato e del fiorentino. Buonaiuto è specifico di Sarno nel salernitano, con un ceppo importante anche nel napoletano.
Il cognome Bonaiuti è 1105° nella regione Toscana Il cognome Bonaiuti è 348° nella provincia di Firenze Il cognome Bonaiuti è 10° nel comune di ORVINIO (RI)
Stemma
Bonaiuti(TOS) (Firenze) D'azzurro, al liocorno inalberato d'oro
Bonaiuti(TOS) (Toscana)
Bonaiuti(TOS) (Firenze) D'oro, al palo d'argento bordato di nero