Deriva dal nome augurale medioevale Bonafinis con il significato di "buon parente", cioè di buon acquisto per la famiglia, o anche dal nome medioevale Bonafine nel senso che il proprio figlio consegua dei "buoni risultati".
Il cognome Bonaffini ha un ceppo nel milanese, probabile frutto dell'immigrazione dal sud, ed uno siciliano nell'ennese e nel nisseno. Bonafine sembra specifico dell'area al confine tra Basilicata e Calabria. Bonafini è tipico dell'area che comprende il bresciano, il veronese ed il mantovano. Bonfine è praticamente unico. Bonfini ha un ceppo tra ascolano e teramano ed uno nel romano. Bonaffine e Buonaffini sono praticamente unici.
Il cognome Bonaffini è 2076° nella regione Sicilia Il cognome Bonaffini è 182° nella provincia di Enna Il cognome Bonaffini è 17° nel comune di BARRAFRANCA (EN)