Dovrebbe derivare dal nome gratulatorio medioevale Bonattus di cui si ha un esempio: "...De Pineo geniti sunt Iafus et Guidolus laici et Bonattus clericus Iafus pro parte sua acepit quattuor solidos a canonicis..." con il rafforzativo Bonus ottenendo Bonus Bonattus come nome di buon auspicio.
Il cognome Bombonato è specifico del Polesine nella provincia di Rovigo ed ha un ceppo tra milanese e bergamasco. Bombonati ha un ceppo milanese ed uno nel rodigino. Bombonatti è dovuto ad un errore di trascrizione del precedente.
Il cognome Bombonati è 6832° nella regione Veneto Il cognome Bombonati è 510° nella provincia di Rovigo Il cognome Bombonati è 12° nel comune di CANARO (RO)