Potrebbe derivare dal nome medioevale germanico Benisius di cui si ha un esempio d'uso in uno scritto del 1317 a Magonza (Mainz nella Germania occidentale): "... Wilhelmus de Waldek dictus Lepus, regni Boemie camerarius, et Winandus de Buhzes de Reni partibus oriundus. Adversarii autem regine, qui procaciter resistunt, hii sunt: Henricus de Lypa cum Henrico et Stenkone, filiis suis, Benisius de Wartinberch iuvenis, Benisius de Mychahelberch, baro fortis, Albertus de Seberch senilis, Wilhelmus de Landestein, filius Witigonis, Berka et Heynaczo germani, filii Heymanni de Duba ...".
Il cognome Benisi, estremamente raro, ha qualche presenza nel milanese e nell'astigiano. Benisio è praticamente unico.
Il cognome Benisi è 13046° nella regione Puglia Il cognome Benisi è 3079° nella provincia di Lecce Il cognome Benisi è 88° nel comune di MELISSANO (LE)