Potrebbe derivare dal nome medioevale Belignus di cui si ha un esempio in una causa per maltrattamenti della seconda metà dell'anno 1324, presso l'Avogaria de Venezia, tra la moglie Marina Volpe ed il marito Belignus Signolo.
Il cognome Beligni è tipicamente toscano, con ceppi nell'aretino, a Prato, a Firenze e nel senese.
Il cognome Beligni è 1891° nella regione Toscana Il cognome Beligni è 425° nella provincia di Siena Il cognome Beligni è 32° nel comune di SAN CASCIANO DEI BAGNI (SI)