L'origine etimologica è oscura, ma si potrebbe ipotizzare una derivazione dall'etnico basco.
Tracce importanti di questa cognomizzazione si trovano fin dal 1400 con una famiglia di pittori originaria della Contrada Colla di Santa Brigida in Valle Averara nel bergamasco. Il primo pittore della famiglia in ordine di tempo fu Antonio Baschenis (1450-1490) figlio di Giacomo e nipote di Lanfranco che nel 1451 risulta avere una bottega a San Michele all'Arco in Bergamo.
Il cognome Baschenis è tipico bergamasco.
Il cognome Baschenis è 9884° nella regione Lombardia Il cognome Baschenis è 1329° nella provincia di Bergamo Il cognome Baschenis è 2° nel comune di AVERARA (BG)