Potrebbe derivare dal nome tardo medioevale Barbone, di cui si ha un esempio nella prima metà del 1500 con il calvinista romagnolo Barbone Morisi, o anche da un soprannome originato da caratteristiche fisiche del capostipite.
Il cognome Barboni è presentein Emilia, Marche, Toscana, Umbria e Lazio.