Dovrebbe derivare da un soprannome originato da caratteristiche fisiche del capostipite dotato di lunghi baffi.
Tracce di questa cognomizzazione si trovano a Venezia nel 1400 dove un certo Ambrogio Baffo è elencato tra i Notai della Serenissima dal 1409 al 1445, e nel 1500 a Marostica (VI) dove un certo Vincenzo Baffo ne è il Podestà.
Il cognome Baffo è oggi tipico del maceratese con un ceppo anche tra ternano e viterbese.