Dovrebbe derivare da un antico toponimo ormai scomparso Atzena o Assena in prossimità di Ales (OR).
Tracce di questo cognome si trovano in alcuni atti fin dal 1400.
Il cognome Atzeni oltre che nel cagliaritano, dove è dominante, è diffuso anche in tutto il resto della Sardegna.
Il cognome Atzeni è 45° nella regione Sardegna Il cognome Atzeni è 7° nella provincia di Medio Campidano Il cognome Atzeni è 2° nel comune di Monserrato (CA)