Dovrebbe derivare, anche attraverso modificazioni dialettali, dal nome Agnese.
(dal greco haghnòs che significa "pura, casta").
Il cognome Agnese, oltre al ceppo nel napoletano, ha un grosso nucleo nel Piemonte occidentale ed in Liguria, soprattutto nell'imperiese. Agnesi è decisamente lombardo, del bresciano e del milanese. Agnes ha un ceppo nell'avellinese ed uno forse non secondario nel milanese, pavese e lodigiano. Agnetti è tipico della provincia di Parma. Agnesini, piuttosto raro, è tipico del nord Italia ed ha presenze in Emilia-Romagna ed in Toscana.
Il cognome Agnesini è 6687° nella regione Emilia-Romagna Il cognome Agnesini è 992° nella provincia di Massa-Carrara Il cognome Agnesini è 29° nel comune di MONCHIO DELLE CORTI (PR)