Dovrebbe derivare da un soprannome originato dal termine arcaico trefolo, un filo ritorto a tre o più capi con il quale si costruiscono le funi, e potrebbe indicare l'attività di cordaio svolta dal capostipite, oppure potrebbe derivare dal sostantivo trefola, trifola o trufola, "tartufo".
Il cognome Trefoloni è tipicamente toscano, dell'aretino con ceppi anche a Siena, nel fiorentino e nel pistoiese. Trefolini, praticamente unico, è probabilmente dovuto ad un errore di trascrizioine del precedente.
Il cognome Trefolini è 34387° nella regione Toscana Il cognome Trefolini è 7746° nella provincia di Arezzo Il cognome Trefolini è 261° nel comune di MURLO (SI)