Dovrebbe derivare dall'aferesi del nome Christobolus o Christopholus (Cristofano, Cristofalo o Cristofolo).
Si trovano tracce di questo cognome verso la fine del 1500 in un atto conservato nell'archivio di stato di Treviso dove viene citato tal Giovanni Toffolo da Fontigo.
Il cognome Toffoli è specifico del trevigiano, bellunese e basso Friuli. Toffolatti è tipico della provincia di Treviso. Toffolet, molto raro, è del nord Italia. Toffali, molto raro, è veronese. Tofful è tipico del Friuli Venezia Giulia, del goriziano in particolare.
Il cognome Toffoli è 140° nella regione Friuli-Venezia Giulia Il cognome Toffoli è 43° nella provincia di Pordenone Il cognome Toffoli è 2° nel comune di CALALZO DI CADORE (BL)