Dovrebbe essere un cognome di origini ebraiche (la Sinagoga è il luogo di culto ebraico), appartenuto probabilmente ad ebrei convertiti al cristianesimo.
Famosa la famiglia ebraica romana dei Da Sinagoga. Un ramo di questa famiglia si trasferì in Toscana nel XIV-XV secolo, cambiando il cognome in Da Pisa, illustri banchieri e uomini di cultura.
Il cognome Sinagoga è molto raro ed è tipico di Cassino (FR).
Il cognome Sinagoga è 4153° nella regione Molise Il cognome Sinagoga è 1262° nella provincia di Isernia Il cognome Sinagoga è 68° nel comune di PICINISCO (FR)