E' uno dei cognomi originati dalla misericordia cattolica ed attribuiti a trovatelli, ma non è da escludere la connessione con un soprannome legato ad un comportamento particolarmente devoto o alla consuetudine di portare degli amuleti benedetti chiamati un tempo agnusdei.
Il cognome Agnusdei è molto raro e sembrerebbe specifico della zona tra Lizzano e Manduria nel tarentino.