Dovrebbe derivare dalla Gens Silia oppure da un soprannome generato dal termine latino scylla, "scoglio".
Il cognome Scillia è tipico di Enna, del messinese e dell'agrigentino.
Il cognome Scillia è 4143° nella regione Sicilia Il cognome Scillia è 483° nella provincia di Enna Il cognome Scillia è 65° nel comune di ROCCASECCA DEI VOLSCI (LT)